1ος ΟΜΙΛΟΣ
1η αγωνιστική (16/10)
16 Ορφέας Ξάνθης – ΑΕ Ποντίων Βατολάκκου 3-2
17 ΑΟ Καρδίας – Αλμωπός Αριδαίας 0-2 (0-0 κ.α., παρ.)
18 Μακεδονικός Φούφα – Λαγκαδάς 0-1
19 Απόλλων Καλαμαριάς – Δόξα Δράμας 1-0 παρ. (0-0 κ.α.)
20 Καμπανιακός – Νέστος Χρυσούπολης 4-5 πέν. (3-3 κ.α., παρ.)
21 Δόξα Προσκυνητών – Εορδαϊκός 2-1
22 Νάουσα – Απόλλων Παραλιμνίου 2-1
Καβάλα: Περνάει άνευ αγώνος
2η αγωνιστική (13/11)
23 Νέστος Χρυσούπολης – Απόλλων Καλαμαριάς 0-2
24 Ορφέας Ξάνθης – Δόξα Προσκυνητών 2-0
25 Καβάλα – Αλμωπός Αριδαίας 3-4 πέν. (0-0 κ.α., παρ.)
26 Λαγκαδάς – Νάουσα 2-1 παρ. (1-1 κ.α.)
3η αγωνιστική (21/12)
27 Απόλλων Καλαμαριάς – Ορφέας Ξάνθης 4-1
28 Λαγκαδάς – Αλμωπός Αριδαίας 2-1
Τελικός σε ουδέτερη έδρα (22/02/2017)
Λαγκαδάς – Απόλλων Καλαμαριάς
2ος ΟΜΙΛΟΣ
1η αγωνιστική (16/10)
17 ΑΕ Καραϊσκάκης – Εθνικός Φιλιππιάδας 1-0
18 ΑΕ Ιστιαίας – Ρήγας Φεραίος 2-1
19 Ολυμπιακός Βόλου – Απόλλων Λάρισας 0-2
20 Νίκη Βόλου – Θεσπρωτός 3-0
21 Αστέρας Πετριτή – Μ. Αετοί Ελευθεροχωρίου 0-3
22 Τηλυκράτης – Διαγόρας Σεβαστής 2-1
23 Αμβρακία Κωστακίων – Αχιλλέας Νεοκαισάρειας 3-0 πεν. (1-1 κ.α., παρ.)
24 Πιερικός – Πύδνα Κίτρους 9-10 πέν. (0-0 κ.α., παρ.)
2η αγωνιστική (13/11)
25 Αμβρακία Κωστακιών – Απόλλων Λάρισας 1-2
26 Πύδνα Κίτρους – Τηλυκράτης 2-0
27 ΑΕ Καραϊσκάκης- Μ. Αετοί Ελευθεροχωρίου 4-3 πέν. (2-2 κ.α., 4-4 παρ.)
28 Νίκη Βόλου – ΑΕ Ιστιαίας 1-0
3η αγωνιστική (21/12)
29 Απόλλων Λάρισας – ΑΕ Καραϊσκάκης 2-3 πέν. (1-1 κ.α., 2-2 παρ.)
30 Πύδνα Κίτρους – Νίκη Βόλου 2-3
Τελικός σε ουδέτερη έδρα (22/02/2017)
ΑΕ Καραϊσκάκης – Νίκη Βόλου
3ος ΟΜΙΛΟΣ
1η αγωνιστική (16/10)
16 Χαλκίδα – Αχαϊκή 2-3
17 Ζευγολατιό – Θήβα 4-3 παρ. (3-3 κ.α.)
18 Τσικλητήρας Πύλου – Παναχαϊκή 1-3 πέν. (1-1 κ.α., παρ.)
19 Παναρκαδικός – Δόξα Μεγαλόπολης 1-0
20 Παναργειακός – Ερμιονίδα 3-1
21 Αστέρας Αμαλιάδας – Λουτράκι 3-0
22 ΠΑΟ Βάρδας – Αιολικός 2-3
Φωστήρας: περνά άνευ αγώνος
2η αγωνιστική (13/11)
23 Αχαϊκή – Φωστήρας 1-0
24 Ζευγολατιό – Παναργειακός 3-1
25 Αστέρας Αμαλιάδας – Παναρκαδικός 2-1
26 Παναχαϊκή – Αιολικός 1-0
3η αγωνιστική (21/12)
27 Ζευγολατιό – Παναχαϊκή 0-1
28 Αστέρας Αμαλιάδας – Αχαϊκή (11/01/2017)
Τελικός σε ουδέτερη έδρα (22/02/2017)
Παναχαϊκή – Νικητής 28
4ος ΟΜΙΛΟΣ
1η αγωνιστική (16/10)
16 Ρόδος – Ιάλυσος 2-1
17 Ατσαλένιος – Ερμής Ζωνιανών 2-1
18 ΑΕΕΚ ΙΝΚΑ – Εργοτέλης 10-11 πέν. (1-1 κ.α., παρ.)
19 Κηφισιά – Προοδευτική 4-0
20 Ηλυσιακός – Ιωνικός 4-2 πέν. (2-2 κ.α., παρ.)
21 Άγιος Ιερόθεος – Θύελλα Ραφήνας 1-0
22 Τριγλία Ραφήνας – Εθνικός 1-0
Πανθηραϊκός: Περνάει άνευ αγώνος
2η αγωνιστική (13/11)
23 Άγιος Ιερόθεος – Τριγλία Ραφήνας 4-0
24 Εργοτέλης – Κηφισιά 1-2
25 Πανθηραϊκός – Ρόδος 0-1
26 Ηλυσιακός – Ατσαλένιος 1-3
3η αγωνιστική (21/12)
27 Άγιος Ιερόθεος – Κηφισιά 3-5 πέν. (1-1 κ.α., παρ.)
28 Ρόδος – Ατσαλένιος (11/01/2017)
Τελικός σε ουδέτερη έδρα (22/02/2017)
Κηφισιά – Νικητής 28
.